イネのゲノム構造は他のイネ科作物（トウモロコシやコムギ）のゲノム構造と類似性が高い一方、そのサイズは他の作物に比して非常にコンパクトに構成され ていることが知られています。このようなイネの有利な形質に着目して、イネの全ゲノム構造解析が行われ、2004年にその完全配列決定が終了しました。
私たちは、このイネゲノム情報を利用して、イネの収量を左右する遺伝子を単離・解析し、さらに利用することを試みています。ジャポニカ米のコシヒカリに 比べ、インディカ米のハバタキは植物体の草丈が低く、多くの粒数を実らせます。この着粒数と草丈を制御するメカニズムを研究するため、コシヒカリとハバタ キのゲノムを比較し、この２つの形質を制御する遺伝子を探しました。その結果、背の高さを決める遺伝子Ph1は「緑の革命」に貢献したsd1と同じ遺伝子 であり、タネの数を決めるGn1は植物ホルモンのサイトカイニンを分解する遺伝子でした。このGn1遺伝子はイネの花が作られる時期・場所で働いており、 この遺伝子の働きによりサイトカイニン量が増減することで花の数（タネの数）も増減することが分かりました。次に、遺伝子組み換え法ではなく従来の交配法 を用いて、これらの遺伝子をコシヒカリに導入しコシヒカリの改良を試みました。その結果、改良コシヒカリは元のコシヒカリに比べ粒数が約20％増加し草丈 は約18％低下し、たくさん稔って倒れにくい系統を作ることが出来ました。このように、イネゲノムの情報とツールを有効に利用すれば、これまで難しかった 作物育種も可能となることが分かりました。